Η εντεροσκόπηση με κάψουλα επιτρέπει τον έλεγχο ολόκληρου του λεπτού εντέρου. Η εξέταση ενδείκνυται σε ασθενείς με αναιμία ή αιμορραγία πεπτικού, σε υποψία κοιλιοκάκης, υποψία πολυπόδων ή όγκου λεπτού εντέρου ή νόσου Crohn. Πρέπει να έχει προηγηθεί ενδοσκοπικός έλεγχος με γαστροσκόπηση και κολονοσκόπηση.